Ex istia cerca del ant. alcázar una pequeña parr. denominada de San Miguel de la Sagra, qne duró hasta ios tiempos del emperador Carlos V; el c u a l , rediíicando el alcázar en los términos que se d i r á , tuvo necesidad para la ampliación del edificio, de quitar dicha iglesia del sitio que ocupaba, construyendo otra de nuevo en lugar mas separad o , con la advocación de San Miguel y San Gil. En este nuevo templo se bautizaron los principes Don Fernando, Don Diego Félix y el rey Don Felipe IIL. Duró como parr.
hasta el año de 1606, crí que e s t e último monarca la donó á los religiosos descalzos de San F r a n c i s c o , los cuales la ampliaron tomando algunas casas del contorno para la mayor capacidad del conv., y pasando la parroquialidad á la inmediata de San Juan. Este conv. fue demolido por los franceses en tiempo de Bonaparte, y ocupaba el terreno en que ahora se hallan los jardines mas inmediatos á la nueva galeria que se está construyendo en el Beal Palacio. Con motivo de esta demolición, los religiosos se trasladaron al conv. de San Cayetano, de que ya hemos hecho mérito